В подавляющем большинстве случаев источником возникновения кишечных инфекций являются болезнетворные (способные вызывать заболевание) микробы.
Источники кишечных инфекций, это вирусы (ротавирусы, калицивирусы и др.), бактерии (шигеллы, сальмонеллы, эшерихии, йерсинии, кампилобактерии, стафилококки, клостридии, вибрионы и др.) и простейшие (лямблии, амебы и др.).
Они устойчивы к воздействию низких температур, очень живучи — могут длительное время сохраняться в почве, воде, а также на различных предметах (на деревянных ручках, мебели). Во влажной среде микробы живут дольше.